1) Смотря что Вы изменяли.
- Если Вы считаете что Ваши изменения "стандартны", то лучше послать их мне и я внесу их в исталлируемую схему.
- Если Вы расширили ключевые слова, стили, метки или что то еще, то правильный путь просто отнаследоваться от инсталлирумой схемы и перекрыть то, что Вам не нравиться.
- Если вы меняли цвета, настройки шрифтов и тд (то что также меняется в UI) то надо менять в xxx_user.xml. Который в принципе и является тем самым пользовательским конфигурационным файлом.
- Ну или последний вариант, просто скопируйте инсталлируемую схему, переименуйте файл и измените synatx id. Тогда они никогда не перепишутся.
Ну а так - merging of xml не такое простое дело

Короче - пишите что конкретно

4) не, перевод строки тут не причем... HippoEDIT хранит текст строками, а перевод строки хранится как параметр строки, и в расчете координат не участвует. Так что шлите пример на supportbox hippoedit com. Ну и само собой документ с 0A я проверил.
Не идеальные вещи замечать можно и нужно

А также что лучше у конкурентов. Тем более с примерами.
По поводу всех проблем с Hierarchy bar и Current scope highlighting, это не баг а просто пока недостаток...
В отличии от Notepad++ (all Scintilla based), HippoEDIT не имеет hardcoded лексеров для каждого языка, а имеет только один динамический, настраиваемый с помощью синтаксической схемы для разных языков. И вот алгоритма по разбору так сказать "симметричных" тегов пока нет (XML like tags). Для HTLM это работает, потому как там набор тегов определенный (как и в спецификации синтаксиса), но те теги которые могут не иметь пары, выбрасывються из разбора.
Короче... Знаем - это в туду

Будет доделано после 1.50.
А SPECIFICATION SPECIFICATION наверное таки баг. Посмотрю - поправлю в 1.48.
FORMAT и EscapeChar - тоже баг - нет в спецификации. Исправлю. Хотя для EscapeChar например большого смысла добавлять нет.